Trần Quý Cáp người làng Bất Nhị, thuộc tỉnh Quảng Nam (Trung phần), hiệu là Thai Xuyên. Mặc dù ông thông minh, học giỏi nhưng lại lận đận trong khoa trường. Năm 1903 ông vẫn còn là Tú tài trong khi các bạn đồng môn người thì Tiến sĩ, kẻ thì Phó bảng hay Cử nhân. Mãi đến năm 1904 ông mới được đặc cách cho thi Hội rồi thi Đình, đỗ Tiến sĩ khoa Giáp Thìn, cùng khoa với Huỳnh Thúc Kháng và Đặng Văn Thụy.

Là một người cầu tiến, và vì chịu ảnh hưởng của các học giả Trung Hoa là Lương Khải Siêu, Khang Hữu Vi, ông cực lực đả kích lối từ chương khoa cử, đề nghị một lối học mới có tinh thần cứu quốc. Năm 1905, ông cùng với các đồng chí là Phan Chu Trinh, Huỳnh Thúc Kháng định vào Nam hô hào công cuộc duy tân.

Tới Bình Định gặp lúc quan tỉnh mở kỳ thi khảo hạch, ra đầu bài thơ là Chí thành thông thánh và bài phú Danh sơn Lương Ngọc, cả ba ông định nhân dịp cổ động việc nước, liền nộp quyển làm bài. Những bài của 3 ông khiến quan tỉnh phải điên đầu, báo cáo về triều đình Huế để quyết định.

Vào đến vịnh Cam Ranh, nhân có chiến hạm Nga vào đó lánh nạn, 3 ông thuê thuyền ra tận nơi xem.

Tới Bình Thuận, 3 ông kết giao với các sĩ phu yêu nước tị địa từ miền Nam, bao gồm Trương Gia Mô, Hồ Tá Bang, Nguyễn Hiệt Chi và hai anh em Nguyễn Trọng Lợi, Nguyễn Quý Anh là con trai của nhà thơ yêu nước Nguyễn Thông, dấy lên phong trào Duy Tân ở đây. Chính phong trào này dẫn đến sự sáng lập của Liên Thành Thư Xã, Liên Thành Thương Quán và Dục Thanh Học Hiệu trong các năm sau.

Năm 1907 ông làm Giáo thụ ở phủ Thăng Bình, tỉnh Quảng Nam. Ông mở một lớp chữ Pháp trong trường, rước thầy về dạy học sinh. Bọn quan lại cựu học không ưa, liền tìm cách đổi ông vào Khánh Hòa.

Năm 1908, xảy ra cuộc kháng thuế ở Quảng Nam, phần lớn thân sĩ trong tỉnh bị bắt. Việc này làm chấn động các giới trong nước. Tại Khánh Hòa, Trần Quý Cáp làm một bức thư gửi cho các bạn hữu tại Quảng Nam, trong đó có những lời lẽ dí dỏm như sau:

Nghĩa là:

Sau đó ông bị bắt giam và bị chính quyền nhà Nguyễn tỉnh Khánh Hòa khép vào tội mưu phản, lãnh án chém ngang lưng tại Khánh Hòa.

Tương truyền khi gia quyến và học trò đưa quan tài Trần Quý Cáp ngang qua Bồng Sơn (thuộc huyện Hoài Nhơn), Tri phủ Hoài Nhơn Nguyễn Đình Hiến đã thiết án bên đò Bồng Sơn làm lễ, lạy khóc thảm thê. Công sứ Bình Định biết tin, cho rằng Nguyễn Tri phủ đã đồng lõa với Trần Quý Cáp. Nhờ có Tổng đốc Bình Định là cụ Bùi Xuân Huyên can thiệp, bày cho ông Nguyễn Đình Hiến giả đang mắc bệnh tâm thần nên chuyện mới được cho qua.[1]